Определить документально точное время возникновения мусульманских школ в Башкирии трудно. Сохранившиеся письменные источники указывают на вторую половину XVII века. Но, видимо, более правильным будет вести историю исламских учебных заведений на Южном Урале с XVI века, на что указывал еще Р. Фахретдинов – крупнейший исследователь культуры Востока.
Возникающие школы в общем копировали традиционную религиозную школу ислама – медресе (от арабского Мадраса - место, где учат). Основной целью медресе было религиозно-нравственное воспитание детей и подготовка духовных наставников.
В учебном курсе преобладали богословские дисциплины. В зависимости от подготовленности учителей шакирды (учащиеся) получали также некоторые сведения по математике, астрономии, классической арабской литературе, истории. Языком обучения в младших группах был тюрки – региональный литературно-письменный язык. В средних и старших классах преподавание велось на арабском и частично персидском языках.
Медресе открывались при мечетях и находились в ведении мусульманского духовенства. Муллы составляли костяк учительского персонала. Кроме местных кадров к преподаванию привлекались научно-педагогические силы из Поволжья, Дагестана, Крыма, Хорезма, Бухары, Самары, Турции.
Мусульманская школа была сельской. В большинстве городов Башкортостана, возникших как административные центры Русского государства, не было ни мектебов (начальных школ), ни медресе. К отмене крепостного права только в Стерлитамаке, Оренбурге и Троицке имелись более или менее влиятельные школы. Мектебы и медресе материально содержались исключительно за счет местного населения и в этом смысле являлись подлинно народными учебными заведениями башкир и татар. Они приобрели значительное влияние в крае. Заметна была их роль и в политической жизни. Большие медресе часто становились местом распространения антиколониальных идей, а их руководители нередко превращались в духовных вождей башкирских восстаний XVIII века. Поэтому царское правительство приняло ряд мер, направленных против расширения сети и усиления мектебов и медресе. В ходе подавления восстаний школы разрушались, мусульманские духовные лица (ахуны, муллы), заведующие медресе (мударрисы), учителя (мугаллимы), влиятельные образованные лица (абызы), то есть вся интеллектуальная часть башкирского и татарского народа подвергались жестоким преследованиям.
С конца XVIII в. сеть мектебов и медресе в Башкирии стала быстро расширяться. Этому способствовали умиротворение края после передачи башкир в военное управление, постепенный переход местного населения к оседлому землевладению, усиление притока в регион казанских татар, то есть общий рост мусульманского населения края. Увеличению численности школ благоприятствовала также организация Духовного собрания. Государственное признание ислама, широкое строительство мечетей, рост спроса на кадры культовых служителей, подъем религиозного самосознания мусульман вели к открытию все новых учебных заведений, упорядочению всего учебного дела. Укреплению местной системы образования послужило и начало книгопечатания на восточных языках. Львиную долю книжной продукции казанских типографий составляли учебные книги для традиционного образования башкир и татар. Это создавало основу для более широкого, чем раньше распространения книжных знаний в массах.
В первой половине XIX в. Башкирия превратилась в один из центров мусульманского образования на российском Востоке. Здесь работали крупные медресе – подлинные очаги книжности и религиозной учености. Слава некоторых из них вышла за пределы страны. Особенно знаменитыми были медресе в деревне Стерли-баш (Стерлитамакский уезд), Сеитовом посаде (Оренбургский уезд), Троицке (Троицкий уезд).
В медресе с. Стерлибашево приезжали учиться со всего Урало-Поволжья, из киргизских, туркменских и казахских степей. Оно было основано в 1720 году. Одним из его лучших учеников, а затем и последователей был Хуснутдин бин Шамсутдин бин Йагфар (1767 – 1869), основатель и преподаватель знаменитого Балыклы-кульского медресе. В течение шестидесяти лет, отмечает М. Умет-баев, многочисленных шакирдов со всей округи обучал поэг и сэсэн Хуснутдин. В Стерлибашевском медресе работал известный ученый Нигматулла Биктимеров, который активно проводил в жизнь наставления Г. Курсави. Он старался у своих подопечных пробуждать интерес к познанию, воспитывать любовь и уважение к разуму человека независимо от его социального положения, утверждать демократические идеалы. Нигматулла развернул активную собирательскую деятельность, в результате чего начала формироваться богатейшая библиотека Стерлибашевского медресе. Им самим было написано много комментариев, учебных пособий для курса медресе. Особенно Сгерлибашевское медресе прославил Харис Биктимеров, сменивший в 1844 г. отца в должности муда-риса Стерлибашевского медресе. Харис развернул гуманитарную деятельность: на его личные средства был открыт дом благотворительности, построены новые здания медресе, реставрирована и расширена мечеть. Много сделал для Башкортостана его сын Ша-кир Тукаев, который дважды был избран депутатом от Уфимской губернии в Государственную Думу.
Были введены новшества и в учебный процесс в медресе, больше внимания стало уделяться методической организации учебы, воспитанию интереса к знаниям. Было введено преподавание русского языка, выписывались газеты, в том числе литературно-политическая газета «Голос», издававшаяся в Петербурге Такая атмосфера медресе привлекала многих шакирдов, стремившихся к получению настоящих знаний. В 80-е годы в это медресе перешел из со своими учениками поэт Шамсетдин, перед этим поступил в медресе и затем работал здесь поэт Гали Сокрой. У них учился некоторое время будущий знаменитый поэт-просветитель Мифтахетдин Акмулла.
Исключительная популярность притягивала в Стерлибашевское медресе молодежь со всего Российского Востока. По сведениям одного из инспекторов народных училищ Уфимской губернии, среди обучающихся там шакирдов иногда встречались даже жители самой Бухары. После посещения в начале XX в. этого учебного заведения академик В. В. Бартольд назван его «одним из живых центров мусульманской науки в России».
Русскоязычные учебные заведения в Башкирии появились в XVIII веке. Они организовывались по линии правительства, преследующего в первую очередь утилитарные цели – подготовку нужных для местных властей специалистов, государственная школа, как правило, носила светский характер.
Особенно заметную роль в проявлении общественно-политической активности башкир и других нерусских народов края и в их просвещении в первой половине XIX в. сыграло Неплюевское военное училище, открытое в Оренбурге 2 января 1825 г. (с 1844 г. -Неплюевский кадетский корпус) с целью «способствовать сближению азиатцев с русскими, доставлять этому отдаленному краю просвещенных чиновников». Корпус состоял из европейского и азиатских отделений. В них наряду с христианским и мусульманским богословием и военными дисциплинами, преподавались история, география, ботаника, минералогия, математика, давались определённые знания по архитектуре, каллиграфии и изящному искусству. В европейском отделении, кроме русского изучались и западноевропейские языки, в азиатском – арабский, персидский и родные языки слушателей, а также предметы, связанные с земледелием и лесным хозяйством. На учебу в корпус, кроме детей русских чиновников и офицеров, принимали детей башкир, казаков и мишарей.
Дореформенный Неплюевский кадетский корпус оставил яркий след в культурной жизни края. Несомненная его заслуга в подготовке светской национальной интеллигенции. В 1852-1860 годах здесь обучался М. И. Уметбаев – крупный башкирский поэт-просветитель, ученый-энциклопедист.
В 1832 г. при Неплюевском училище открылось женское отделение для воспитания и обучения «наукам и рукоделию» дочерей военных и гражданских чиновников. По М. Н. Фархшатову