Всебашкирский курултай (съезд), состоявшийся в Оренбурге в декабре 1917 года, вместе с провозглашением политической автономии Башкирии объявил и автономию образованного на этом же съезде на основе выборов духовного управления мусульман, населяющих Башкирию. Первый Всебашкирский съезд духовенства мусульман республики, состоявшийся в марте 1921 года в селе Аллагуват Стерлитамакского кантона, единодушно подтвердил автономию духовного управления и выработал конкретное положение об управлении.
Второй Всебашкирский съезд духовенства и представителей приходских попечительств (мутаваллиев), состоявшийся в июне 1923 года в городе Уфе, разработал подробный устав духовного управления и избрал Муфтиат Большой Башкирии, который был зарегистрирован в НКВД БАССР 7 января 1924 года под названием «Центральное духовное управление мусульман Башкирской республики» (ЦДУБ).
Башкирский муфтиат до 1923 года находился в Стерлитамаке. В Уфе Центральное духовное управление до 1928 года размещалось по улице Спасской, в доме № 8 (ныне улица Ново-Мостовая). Башкирское духовное управление мусульман настойчиво просило советские власти о предоставлении в его пользование некоторых строений по улице Тукаева, которые принадлежали до Октябрьской революции Магометанско-духовному собранию. И действительно, по ходатайству БашЦИКа Президиум ВЦИК СССР принял в 1928 году постановление о предоставлении их в пользование Башкирского духовного управления мусульман.
Однако в 1937 году произошло слияние двух религиозных организаций мусульман: ЦДУМ (Центрального духовного управления мусульман Внутренней России и Сибири) и БДУМ (Башкирского духовного управления мусульман). В связи с этим Президиум ЦИК БАССР немедленно принял постановление о передаче дома по улице Цурюпы № 3, где ранее помешалось БДУМ, в ведение Башдеткомиссии для использования под общежитие беспризорных.
21 августа 1992 года в Уфе состоялся учредительный съезд мусульман Башкортостана, на котором было принято решение о создании отдельного от ДУМЕСа Духовного управления. Председателем его избран состоявший на службе в 1-й соборной мечети города Уфы в должности имама-хатыба казый-хазрат Нурмухамет Нигматуллин. Устав Духовного управления: мусульман Республики Башкортостан был повторно зарегистрирован администрацией Кировского района города Уфы 23 декабря 1992 года. Располагается Духовное управление мусульман Республики Башкортостан в Уфе на улице Сочинской.